
有机化学硕博经验分享 DLC:原料制备
2025年07月17日 6 次浏览内容摘要:
一、原料设计要考虑的三个要素
二、先打通路线,再提高产率
三、如何改进合成路线?
四、原料制备不能单打独斗
五、清晰标记、合理保存、不要囤积
六、原料做多少为好?
七、关键反应前,六个与原料有关的问题
八、操作流程标准化,利于及时总结
正文部分:
一、原料设计要考虑的三个要素
课题伊始,原料设计时首先要考虑合成难度。严格来说,难度高低要结合操作复杂度、反应时间和产率判断,但日益积累的合成经验能赋予你一种“感觉”,当你看到你设计的化合物时,你就觉得它不是善茬,尽可能少涉及,最好不去做。比如,分子中存在亚甲基左边一个氧,右边一个氮的片段就很难做;在1,3-环二酮的2号位长出碳链也很难做;炔烃左侧一个NTs,右侧一个甲氧羰基也很难做。当然,这里的“难做”不意味着做不成,而是在大多数方法学实验室的条件下,在大多数硕博的手里不好做。
另外,关键反应的原料可以不测高分辨、红外,但不能不测氢谱和碳谱。换言之,你设计的原料能不能发生预期的反应先不论,必须要在硅胶上、溶剂中、室温下足够稳定、不易挥发,至少能支撑到收好纯谱。例如,BCP(双环[1.1.1]戊烷)、苄基叠氮等化合物要在低温下储存,用之前要重新过柱;苯乙炔烯作原料,应立刻意识到它极性很小,过柱分离难,而且易挥发,无法抽油泵,故收纯谱很难;一些CADA工作中的萘酚衍生物,略受热就会发生反应得到消旋产物,打核磁需要争分夺秒;一些带富电子杂芳基的环丙烷,过柱子后变成二氢呋喃,或在空气中缓慢发黑、变坏。
第三,原料合成后有无顺反、阻旋、非对映异构体,纯化是否方便;如果进行不对称研究,原料(及其异构体)是否包括潜手性中心?比如,两个官能团用环烷烃串起时,要想到原料、中间体和产物是否可能出现dr;用于不对称工作的底物最好不要有外消的手性中心,否则影响产物ee值;环酮在变成烯醇硅醚之后,环就不对称了,酮羰基“对位”的碳就变成了外消的手性碳,所以对映选择性就差。
二、先打通路线,再提高产率
注意,方法学的工作,真正重要的是关键反应的产率,不是原料制备的产率。原料产率步步90%,关键反应一塌糊涂,结果也没有发表价值;原料收率只有30%(炔基醚、顺式四取代环丙烷等),但关键反应收率、ee都在90%以上,没人在乎原料合成有多麻烦。所以设计好原料结构后,先把这个原料做出来,尝试关键反应是否能发生,然后再回过头来提高产率、改进方法。
三、如何改进合成路线?
合成方法的改进应考虑反应规模与经济成本:例如如果需要大量制备苯甲醛,DMP氧化就过于奢侈了,应考虑二氧化锰或重铬酸吡啶盐;还要考虑使原料尽可能转化完全且副产物尽可能不出现:例如,烷基或杂芳基取代的查耳酮,用液溴溴代可能会出现副产物(不能精确称量且危险),改用三溴化吡啶(可精确称量的固体液溴)后产率显著增加;将助溶剂从DCM改为THF,升温到80℃,可以让溴代查尔酮完全转化;将钯催化剂用量从2%下降到1%,脱溴产物从60%下降到20%等。
有时调整合成路线比调整具体的反应条件更有效。举例:为了制作五取代炔基环丙烷,一般路线是:查耳酮溴化、与苯乙炔偶联制备α-炔基烯酮、K-R环丙烷化反应。坏处有三:其一,偶联反应产物和原料的极性几乎一致,TLC难区分;其二,α-溴代查耳酮也会脱溴,生成副产物查耳酮,极性与产物极似,混入下一步后会形成四取代环丙烷;其三,苯乙炔烯酮的K-R反应对控温要求更高,一旦做大量反应,大瓶子和大量溶剂均匀、彻底冷却是难题。
随后,我意外发现TMS乙炔与α-溴烯酮偶联时,脱溴产物与偶联产物、原料的极性相差很大,易于分离;所得炔烯酮的K-R反应即使控温不严,产率所受影响有限,可达70%。同时,TMS乙炔基环丙烷脱硅基保护后,产物为稳定的白色固体,重结晶即可纯化。
由此,我最大开过20 mmol的TMS乙炔烯酮的K-R反应,可一次制备11-14 mmol端炔环丙烷,再与各种碘苯分别偶联,轻易制得炔烃一侧各种取代基的环丙烷,免于合成苯乙炔烯酮和K-R过柱分离之苦。
四、原料制备不能单打独斗
同一个课题组,不同实验者虽然课题不同,但彼此之间原料结构相似或完全一致。所以共同的初始原料、中间产物可以大家一起做,分别保存。没必要人人都做30 mmol的大反应,浪费物料。彼此之间可以交流经验和技巧,共同找出最合适的合成路线、条件乃至展开剂的极性。
五、清晰标记、合理保存、不要囤积
任何时候,笔者都不建议囤积大量原料再集中做关键反应。建议各位读者一次做2-3个原料,收谱后随即开关键反应,然后再转移到样品瓶保存。所有样品瓶放在阴凉干燥的地方,封口膜、铝箔纸、棕色瓶该用就用,冰箱、手套箱该放就放,标签纸写清楚结构式和编号,不要嫌麻烦。
六、原料做多少为好?
我的经验是,假如关键反应需要0.2 mmol的原料,那么原料至少要拿到0.3 mmol左右。做新原料时可以用0.3 mmol反推初始原料的反应规模——我一般假定每一步产率只有50%(料敌从宽),因此前一步原料要拿到0.6mmol,前两步原料拿到1.2 mmol,前三步拿到2.4 mmol,前四步拿到4.8mmol,前五步拿到10 mmol。五步合成一个原料已经够长了。实操中10 mmol初始原料,只要不大翻车基本可以拿到4-5倍多的关键反应原料。
如一个原料关键反应差,或发现了新的条件,需要重新做一次关键反应,从这个角度来说,原料做的越多越好。但做多了用不完属于浪费。例如,我做原料时,如使用Sonogashira反应,则原料制备规模0.6 mmol;如使用K-R反应,则原料制备规模1.0-1.5 mmol。
七、关键反应前,六个与原料有关的问题
其一,原料投对了吗?2-噻吩和3-噻吩的原料你分清楚了?苯并呋喃和苯并噻吩的你分清了?甲基在邻位和间位你分清了?碘在苯环A对位和在苯环B对位你也分清了?
其二,原料有没有放坏?特别是带叠氮、重氮、亚胺、富电子醛等活泼基团的,以及推拉电子结构的(一侧强给电子,一侧强拉电子)原料,可能会缓慢变坏;有些叠氮化合物与刮刀接触,或在瓶内略微受热会突然爆出泡沫(释放氮气)。至少要点个板看下,有必要随用随过柱提纯。
其三,原料有没有杂质?如果是做了很多次的原料,或是仅更换了一处官能团,很容易盲目自信。淹死的都是会水的。打个核磁看一下嘛。大多数情况下,TLC纯,核磁就没问题。凡是核磁不纯的,TLC总能看出不对劲的地方。
其四,原料晾干了吗?溶剂会导致称量不准确。如是油状物而溶剂没晾干,称起来像糖稀一样,又能拔丝又称不准,只能往瓶里称多一些,油泵抽成泡沫,再称重确认。
其五,原料有没有留样?十天半个月前留的样放坏了吗?点板与原料一样高的点,不一定是原料。
其六,原料还剩下多少?够测高分辨和熔点吗(虽然只需要一点点但可能因为静电而刮不出来或被气流吹散损失)?还够不够新的尝试?
八、操作流程标准化,利于及时总结
很多人都注意到关键反应要标准化——反应规模、催化剂用量、反应温度、溶剂和加料顺序等,但不一定注意到关键反应的原料制备也要标准化,毕竟制备原料的methods也要写进文章SI的。自问:
其一,原料制备的策略有几种?不用全流程,只看最后一步。例如,我博士课题五个课题的所有原料,分为四种合成策略:Kukhtin–Ramirez反应、Sonogashira偶联、脱硅基保护和Corey-Chaykovsky反应。总结要高度凝练,比如端炔与芳基碘、烯基溴和酰氯的偶联都属于Sonogashira反应,没必要因为偶联partner的不同而分开总结。
其二,不属于上述Methods的反应有几个,具体引用了哪些文献?文献信息要写在实验记录本上,免得整理数据时临时去找。
其三,每一种Methods的催化剂用量、反应温度、溶剂和加料顺序等是否一致?如果有特例,特例的重要性和数量是否达到需要在SI标注Modified Method的程度?
例如,贵金属催化的偶联反应,有些原料制备时为避免脱溴产物,钯催化剂用量减少至1 mol %;有些原料制备时为避免自偶联产物,需要往体系内滴加炔的溶液;有些反应的溶剂用DCM,溶解度更好;有些反应温度从50℃升高到80%,转化率更高。这些有理有据的条件改变,只要细心总结就好。就怕做反应随意散漫,一会用DCM一会用THF,一会45℃一会50℃,一会5.0当量一会1.5当量(试剂),一会5%一会1%,算起来全是特例,共性全是定性的,没有定量的。这真不算什么事儿,但导师较真的话不好收场。
其四,原料的原料你打过氢谱吗,纯吗?有人会觉得这多此一举,绝大多数SI不需要收录原料的原料的数据。但当你的文章SI内容偏少,data analyst会要求你提供更多细节,到时候对方点菜,你拿不出来可是要砸招牌的。当然,有些较真的导师也会要求你把数据储备起来。
比如,我的原料的原料,也就是炔烯酮、酮酸酯系列,此前已被无数学者作为关键反应的原料或产物,因此相当多炔烯酮能查到CAS号,是已知化合物,不必担心。有些常用的,特别是模型底物的炔烯酮,你最好能拿到一个纯的氢谱并记清反应编号——总要证明你做原料的反应用上了纯的原料。未雨绸缪,多一手准备总是好的。
其五,原料的记录本的信息写全了吗,有没有(按照导师要求)拍照或扫成电子版?SI收录的原料数据,不仅包括收入文章的关键反应的原料,还包括特殊/失败的底物。做过多次的原料,可以找出一个产率最高的做记录,特别检查实际加料量、重要操作及时间、产量和产率、产物性状(可能包括熔点)和TLC情况等。写好的记录本要定期扫描为电子版存在电脑上,免得导师找你要你再手忙脚乱。这里的扫描看组内习惯,有的拍照就行,有的导师对扫描pdf文件的大小有要求(需要公用扫描仪)。
其六,哪些原料是已知化合物?如果是既往文献,特别是课题组先前的工作报道过的化合物,只需要打个氢谱确认纯度,不要收碳谱和高分辨!这些文献要找齐,与化合物一一对应,记录在案。
总之,争取把每一个细节做得扎实、严密,不让导师为此烦闷。凡事不要给别人添麻烦,多为导师考虑一点,做个合格的下属、可靠的科研伙伴。